在脫水蔬菜的制備過程中，原材料蔬菜從一開始的清洗工作到脫水完成，關于防止有害微生物的方法有多種，現舉例如下：
1、防腐劑的加工方法
防腐劑是一些能殺死食品中微生物的化學藥劑。這些藥劑低毒、經濟實用，不妨礙人體健康，不破壞食品營養成分。目前允許使用的有苯甲酸鈉、亞硫酸、山梨酸及其鉀鹽，還有提倡使用的天然防腐劑如大蒜素、芥子汕等。
2、無菌原理的加工方法
通過熱處理、微波、輻射、過濾等工藝手段，伙食品中腐敗菌數量減少（或消滅）到能使食品長期保存的限度，保證蔬菜長期貯藏。
3、發醇原理的加工方法
是用某些有益微生物的活動產生積累的代謝產物，抑制其它有害微生物活動，達到長期貯藏的目的，如發酵性腌制品。
4、抑制微生物活動加工法
利用某些物理、化學因素抑制食品中微生物和酶的活性，可以使蔬菜較長時間的保存。屬這類的加工方法有：冷凍蔬菜、速凍蔬菜、高滲透壓加工（即腌制、干制和糖制等）。